Năm 1957, dưới thời Đệ Nhất Cộng hòa, khu vực này mang tên Miền Đông Nam phần, đại diện bởi Tòa Đại biểu Chính phủ cho 13 tỉnh thành: Đô thành Sài Gòn, các tỉnh Gia Định, Tây Ninh, Bình Dương, Bình Long, Phước Long, Phước Thành, Hậu Nghĩa, Biên Hòa, Long Khánh, Phước Tuy, Bình Tuy và Long An. Khu vực này là một đơn vị hành chính của Việt Nam Cộng hòa.
Năm 1963, Đệ Nhất Cộng hòa bị lật đổ và đơn vị Miền Đông Nam phần bị xóa bỏ, tuy nhiên danh từ này vẫn thông dụng để chỉ định khu vực địa lý.
Giai đoạn 1966-1975 thời Đệ Nhị Cộng hòa, Miền Đông Nam phần bao gồm 12 tỉnh thành: Đô thành Sài Gòn, các tỉnh Gia Định, Tây Ninh, Bình Dương, Bình Long, Phước Long, Hậu Nghĩa, Biên Hòa, Long Khánh, Phước Tuy, Bình Tuy và Long An.
Năm 1975, sáp nhập các tỉnh thành để thành lập các tỉnh thành mới lớn hơn, khi đó miền Đông Nam Bộ gồm 4 tỉnh thành: Thành phố Hồ Chí Minh [tỉnh Gia Định, Đô thành Sài Gòn, quận Củ Chi của tỉnh Hậu Nghĩa và quận Phú Hòa của tỉnh Bình Dương], Sông Bé [gồm tỉnh Bình Dương, Bình Long và Phước Long], Tây Ninh, Đồng Nai [gồm Biên Hòa, Long Khánh và Phước Tuy]. Tỉnh Bình Tuy cũ nhập vào tỉnh Thuận Hải thuộc miền Trung, tỉnh Long An nhập vào Miền Tây Nam Bộ.
Năm 1979, miền Đông Nam Bộ gồm 4 tỉnh thành và 1 đặc khu: Thành phố Hồ Chí Minh, các tỉnh Tây Ninh, Sông Bé, Đồng Nai và Đặc khu Vũng Tàu-Côn Đảo[1].
Năm 1991, miền Đông Nam Bộ có 5 tỉnh thành gồm: Thành phố Hồ Chí Minh, các tỉnh Tây Ninh, Sông Bé, Đồng Nai, Bà Rịa – Vũng Tàu.
Từ năm 1997 đến nay, vùng Đông Nam Bộ có 6 tỉnh thành gồm: Thành phố Hồ Chí Minh, các tỉnh Tây Ninh, Bình Dương, Bình Phước, Đồng Nai và Bà Rịa – Vũng Tàu.